一般来说，化粪池系统的正确安装、选址和维护不会对水质产生不利影响。在某些情况下，设计可能需要进行高级处理，以减少废水强度和氮污染的影响，或者包括在地表水附近的物业中进行消毒。

　　如果系统出现故障或旧系统直接排放到地下水中，为了降低病原体或营养水平，不会处理废水。如果排放物靠近水体，可能会对水质产生负面影响。

　　这些影响的例子可能包括：

　　影响饮用井病原体、化学物质或营养物质对地下水的污染。

　　大肠杆菌等病原体、化学物质和含氮、磷等营养物质可能会污染地表水。

　　病原体可能导致休闲游泳区疾病，甚至需要关闭海滩，对人和宠物造成伤害。过量的氮和/或磷会导致蓝藻或蓝藻在短时间内过度生长，从而导致大量的藻类繁殖。藻类的过度生长会消耗氧气，阻挡水下植物的阳光。当藻类死亡时，水中的氧气会被消耗掉。这可能会导致鱼和其他水生生物死亡，并形成区域性的“死亡区域”。

　　沿海地区对化粪池系统故障造成的氮污染更加敏感。

　　淡水河流、湖泊和池塘对化粪池系统故障造成的磷污染更加敏感。

　　化粪池系统和环境敏感地区水体故障的积累可能需要在区域或流域层面解决。